乡镇卫生院医改后主要职能：以公共卫生服务为主，综合提供预防、保健和基本医疗等职能，向辖区居民提供基本医疗服务和公共卫生服务。定位为公益性事业单位。
一、基本职能：
(一)、宣传贯彻党和政府的各项医疗卫生方针政策。
(二)、提供基本医疗服务，开展农村常见病、多发病以及诊断明确的慢性非传染性疾病的诊疗、护理。
（三）、乡镇卫生院对聘用的人员，以岗位绩效和工作业绩为核心实行绩效工资，进行绩效考核，每季度一次，将医务人员工作业绩与个人收入挂钩。
（四）、贯彻落实国家基本药物制度，乡镇卫生院全部配备、使用基本药物;实行网上统一采购、统一配送的基本药物采购机制;实施基本药物零差率销售。
(五)、协助开展突发公共卫生事件应急调查和处置工作，承担区域内公共卫生相关信息的收集和报告。
(六)、开展康复治疗、康复训练，提供计划生育技术指导与服务。
(七)、对所属行政村卫生室实行一体化管理，承担对村卫生室和乡村医生的业务管理和指导。
(八)、协助做好区域内食品卫生、饮用水卫生、公共场所卫生、职业卫生等公共卫生工作；协助做好爱国卫生工作。
(九)、协助做好新型农村合作医疗工作。
（十）、乡镇中心卫生院除履行乡镇卫生院职责外，要协助做好对乡镇卫生院基本医疗服务的技术指导工作。
二、公共卫生服务职能
主要是提供基本公共卫生服务，包括建立居民健康档案、健康教育、预防接种、传染病防治、高血压糖尿病等慢性病管理、重性精神疾病管理、儿童保健、孕产妇保健、老年人保健等；协助处置突发公共卫生事件；承担对村卫生室、社区卫生服务站的人员培训、技术指导等。公共卫生服务任务根据服务人数和国家及省确定的公共卫生服务项目内容和数量、质量要求核定。
（一）、建立居民健康档案
以妇女、儿童、老年人、残疾人、慢性病人等人群为重点，在自愿的基础上，为辖区常住人口建立统一、规范的居民健康档案，健康档案主要信息包括居民基本信息、主要健康问题及卫生服务记录等；健康档案要及时更新，并逐步实行计算机管理。
（二）、健康教育
针对健康素养基本知识和技能、优生优育及辖区重点健康问题等内容，向城乡居民提供健康教育宣传信息和健康教育咨询服务，设置健康教育宣传栏并定期更新内容，开展健康知识讲座等健康教育活动。
（三）、预防接种
落实国家和省免疫规划政策措施，为适龄儿童接种乙肝疫苗、卡介苗、脊灰疫苗、百白破疫苗、白破疫苗、麻疹疫苗、甲肝疫苗、流脑疫苗、乙脑疫苗、麻腮风疫苗等国家免疫规划疫苗；在重点地区，对重点人群进行针对性接种，包括肾综合征出血热疫苗、炭疽疫苗、钩体疫苗；发现、报告预防接种中的疑似异常反应，并协助调查处理。
（四）、传染病防治
开展疾病预防控制，做好本行政区域内传染病的疫情监测、报告、防治工作。及时发现、登记并报告辖区内发现的传染病病例和疑似病例，参与现场疫点处理；开展结核病、艾滋病等传染病防治知识宣传和咨询服务；配合专业公共卫生机构，对非住院结核病人、艾滋病病人进行治疗管理。
（五）、儿童保健
为0-36个月婴幼儿建立儿童保健手册，开展新生儿访视及儿童保健系统管理。新生儿访视至少2次，儿童保健1岁以内至少4次，第2年和第3年每年至少2次。进行体格检查和生长发育监测及评价，开展心理行为发育、母乳喂养、辅食添加、意外伤害预防、常见疾病防治等健康指导。
（六）、孕产妇保健
为孕产妇建立保健手册，开展至少5次孕期保健服务和2次产后访视。进行一般体检检查及孕期营养、心理等健康指导，了解产后恢复情况并对产后常见问题进行指导。
（七）、老年人保健
对辖区65岁及以上老年人进行登记管理，进行健康危险因素调查和一般体格检查，提供疾病预防、自我保健及伤害预防、自救等健康指导。
（八）、慢性病管理
对高血压、糖尿病等慢性病高危人群进行指导。对35岁以上人群实行门诊首诊测血压。对确诊高血压和糖尿病患者进行登记管理，定期进行随访，每次随访要询问病情、进行体格检查及用药、饮食、运动、心理等健康指导。
（九）、重性精神疾病管理
对辖区重性精神疾病患者进行登记管理；在专业机构指导下对在家居住的重性精神疾病患者进行治疗随访和康复指导，开展精神卫生的干预防治工作。
三、卫生行政管理职能
（一）、负责本乡镇村卫生室和个体医疗机构的医疗、预防保健和卫生信息等工作技术培训和指导。
（二）、受卫生部门委托依法对本乡镇村卫生室、个体医疗机构进行卫生行政管理和监督。
（三）、完成卫生部门交办的其他管理职能。